For de fleste ville det være underlig om ikke et sammenstøt med et passasjerfly skulle være nok til at en skyskraper raste sammen. Det var derfor få som var i tvil om hva som rammet Tvillingtårnene den 11. september 2001, og hvem som var gjerningsmennene. I årene som har fulgt har imidlertid en rekke enkeltpersoner og grupperinger, både i Nord-Amerika og Europa, begynt å tvile på om dette nødvendigvis medfører riktighet. For dem er det en rekke paradoksale omstendigheter ved angrepene som ikke gir mening i forhold til hvordan de er forklart av amerikanske myndigheter og granskningskommisjonen som er utnevnt av Kongressen. En viktig årsak til denne tvilen kan være at det finnes vitner og deltakere i dramaet rundt 11. september som beskriver hendelser som ikke stemmer med hva som skjedde i den offisielle historien. Et eksempel er tilskuere som hørte og så noe de mente var eksplosjoner rundt Tvillingtårnene før de ble truffet av flyene. Politimenn mente det så ut som «planlagt implosjon». Brannmannen Richard Banaciski rapporterte om at «det var en eksplosjon [i det sørlige tårnet]. Det så ut som om når de detonerer bygninger. Det så ut som om de fant sted hele veien rundt som et belte, alle eksplosjonene». Assisterende brannkommisjonær Stephen Gregory hevdet følgende: «Jeg så gjentakende lysglimt på den nedre delen av bygningen. Du vet, som når de river ned et bygg?» Et annet kontroversielt vitneutsagn kom fra rengjøringsassistenten William Rodriguez som jobbet i Nordtårnet den 11. september. I et intervju med New York Magazine hevder han at han først hørte en stor eksplosjon da han befant seg i kjelleren i skyskraperen og var vitne til at det dukket opp rammede med skinnet brent av armene fra heissjakten. Etter eksplosjonen i kjelleren hørte han en ny ovenfra. Det var et Boeing 767. Williams var den siste levende personen som ble reddet ut av branntomten ved World Trade Center. Han ble regnet som en helt og fikk besøke Det hvite hus og president George Bush. Senere, da han forsøkte å videreformidle historien om eksplosjonen i kjelleren, ble han avvist av amerikanske myndigheter. Nå har han anlagt en sak mot de samme myndighetene under RICO-statuttene, en lovgiving som egentlig er beregnet for å tiltale mafiafamilier. Foruten vitneutsagn som beskriver en kontrollert nedriving av Tvillingtårnene med eksplosiver, mener kritikere av Bush-administrasjonen at det finnes flere omstendigheter rundt 11. september som gir rimelig grunn til mistanke om at den offisielle historien ikke er korrekt. Et faktum er at ingen av de fire kaprede flyene ble avskåret av jagerfly. At dette ikke skjedde, kombinert med at mesteparten av luftstyrken var opptatt med militærøvelser, har gitt grobunn for mistanken om at det ble gitt ordre om «standdown» av det amerikanske luftforsvaret, slik at terrorangrepene på denne måten kunne foregå uhindret. En annen mistenkelig omstendighet er at WTC 7, også kjent som bygning 7, som var en 47-etasjes skyskraper raste sammen uten å ha blitt truffet av noe fly. Derimot er bygningene som stod ved siden av fremdeles intakte. Når det gjelder forhåndsvarsling av angrepene har det vakt oppsikt at det har blitt hevdet at NSA lyttet på samtaler sommeren 2001, i sanntid og med full oversettelse, mellom Mohammed Atta og Khalid Shaikh Mohammed. I en av samtalene hadde Atta angivelig gitt Mohammed grønt lys for angrepene, og NSA burde derfor
